Sistemas prontos resolvem bem processos padronizados. O problema aparece quando sua empresa precisa se adaptar ao sistema, em vez do contrário.
Vale considerar um sistema próprio quando: o processo é específico do seu negócio, planilhas já não dão conta do volume, ou você paga por funcionalidades de um sistema genérico que nunca usa.
Não é sobre ter "mais um sistema" — é sobre ter o sistema certo para o seu processo.